荒城幸也，大概14岁。平常一个人在做DJ。因为受到父母的影响，从小开始就一直在听House Music……也经常上传音乐视频。想要向某人传达些什么。想要受到认同，想要成为必要之人。但很害怕受伤。有什么地方不和谐的日常……某天，为了增加点击数而做的事情，却成了无法挽回的事态。来自“那个世界”的直播。以此为契机，我被人给盯上，被卷入了人们的愿望和心意的漩涡当中。独自一人束手无策的状况……但是，只要有谁和我一起的话——。
被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口，前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！
照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。
两人交织出的，幸福的约定。由曾是美世母亲澄美未婚夫候选人的甘水直所率领的“异能心教”，引发了一场动摇国家根基的重大事件。这场伤害了无数人的动乱，最终在美世觉醒为“梦见巫女”后迎来了平息。在可怕的阴谋下，美世与清霞虽然一度被迫分离，但他们始终坚信彼此，终于再次牵起了对方的手。为了守护这份平静的生活，两人做出了各自的选择。“美世，你是我的生命。请你，和我结婚。”“嗯，我很乐意。我爱你，清霞先生。”社会上夹杂着丑闻、对这位“冷酷无情”的精英军人订婚一事的流言蜚语虽然令人烦躁，但期盼已久的婚礼之日仍在一天天地临近。美世与清霞对彼此的爱意越发深厚，两人正缓慢却又无比深刻地拉近着距离。然而某天，美世和叶月一起参加料理教室时，重逢了小学同学君绪。君绪为了“能让美世变得更加幸福”，对她施加了一个“小魔法”，可是……？
正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。
1890年，一场世纪大赛“SBR”于美国举开。全长共6000公里，是人类史上第一场骑乘马匹横越北美大陆的比赛！为了拿下高达5千万美元（60亿日元）的冠军奖金，一群强悍的冒险家们正式展开了他们的争战！
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
