第二季的故事是发生在第一季的故事结束后三年,爱良等人从Pretty Top演艺学校结业并学有所成,之后有了全新生力军的加入,包含了玲奈、果铃、彩海三人组成的团队“三棱镜伴侣(Prism Mates、プリズムメイツ)”,与后来加入的美爱,演变成四人明星团体“Prizmmy☆”并走上成名之路;后来有来自韩国的五位女性留学生加入了Pretty Top演艺学院,并与Prizmmy☆四人连袂演出。
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正在进行修业之旅的小智(松本梨香 配音)、小刚(うえだゆうじ 配音)、小遥(KAORI 配音)和小正(山田ふしぎ 配音),在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美(眞鍋かをり 配音)及其所在的玛丽娜剧团,于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代,她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普(藤岡弘 配音)夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿,神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败,他将与洋美、小精灵护林员杰克(山寺宏一 配音)以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。